土壤板结的主要原因是有机质的缺失，而不是由于使用化肥。这并不是说化肥对土壤板结没影响。有机质缺失，化肥对土壤板结影响的烈度就更加凸显。而有机质丰富，化肥被利用率大大提高了，化肥残留于土壤中的硫酸根、氯离子、亚硝酸盐等物质会因转化为水溶有机化合物，
以及丰富的土壤微生物的多重作用而无害化，使土地可以永续耕作。
所以归根结底，化肥“使土壤板结”的负面作用并不是化肥之过，而是人们忽视了向土壤施用足量的有机肥料的结果。
微生物肥料的主要功效是促进植物根系的发育。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。
当然，考虑微生物菌肥主要成分为生物活性菌，在使用过程中存在以下几方面不足：
1、见杀菌剂就死亡，不能与杀菌剂混合使用，防治根腐病、根癌等土传病害；
2、见紫外线就死亡，秋季施基肥时期为太阳紫外线质量最好阶段，紫外线可以杀灭微生物菌肥里面的生物活性菌；
土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发生病害的程度，进而起到增加产量的作用.
根系衰弱：根系靠什么促？
首先是根的趋水趋肥性，使根系有一种内在的向外向下伸长的刺激，缺了有机质的土壤含水性差，各类肥料溶液向根部“表达”能力差，致使根系生长的内在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互动，是根系生长的外源刺激。
土壤中有机质不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根际微生物群落稀疏，根系生长的外源刺激太弱，根系就失去了生长的外部刺激。
因此土壤缺乏能被根系和土壤微生物直接吸收的水溶有机碳——有效碳，直接造成农作物根系衰弱、老化。这就是农作物减产和抗逆性差的根源;也是年年治病,病害越来越难防治的原因.
土壤板结和药害（土壤中农药残留严重）造成农作物多种病害。如果土壤中有机质丰富，或者对土壤施足有效碳，这些危害是可以减轻甚至是可以避免的。有效碳不仅是良好的土壤改良剂，可以解决土壤板结的问题，而且，有机碳化合物还是良好的解毒剂。
由于除草剂和其他农药直接施到土壤，使土壤微生物受到极大伤害。如果向土壤施用足量的有机肥或者液态碳肥，可以减轻农药的药害，在相当程度上减轻微生物的损失。农药残留通过氧化和光分解，药性又会进一步降低，重新繁殖起来的微生物反过来会“吃”掉这些残留物。在这种土壤微生物与农药残留物的博弈中，有机水溶碳起着“东风”助阵的作用。这种分析推理已经得到多次实例的证明。
所以缺碳等于任凭土壤板结和药害肆虐而束手无策，使农作物失去良好的土壤生态而导致出现病弱株严重等现象。
